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行業(yè)影響
外泌體研究方向
We're facing the
challenges
of life head on.
NCB:Kalluri團隊利用定量蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)現(xiàn)外泌體普遍富集和缺乏的蛋白質(zhì),其中Syntenin-1豐度最高可作為標(biāo)志性蛋白

 

         我們經(jīng)常使用的外泌體生物標(biāo)志物(CD9、CD63和CD81)是異質(zhì)性的,在不同細胞類型中沒有表現(xiàn)出普遍高豐度存在。為了發(fā)現(xiàn)外泌體中無處不在和豐富的蛋白質(zhì),外泌體領(lǐng)域大牛、MD安德森癌癥中心Raghu Kalluri教授研究團隊使用了一種基于超穩(wěn)定同位素標(biāo)記細胞培養(yǎng)中的氨基酸(super-SILAC)的無偏和定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法,并結(jié)合了高分辨率質(zhì)譜法,共定量了1212種蛋白質(zhì),其中外泌體中普遍富集22種蛋白質(zhì)、缺乏15種蛋白質(zhì)。并且發(fā)現(xiàn)Syntenin-1蛋白普遍存在于不同方法分離的不同細胞/不同物種和生物流體的外泌體中,可作為外泌體的通用生物標(biāo)志物。(RaghuKalluri教授發(fā)表過多篇外泌體相關(guān)的CNS及子刊文章,文章列表見文末)

 

 

 

   外泌體是直徑從40 nm到160 nm的膜包裹的細胞外囊泡 (EV),源自內(nèi)體區(qū)室,在文獻中也被稱為“小EV”。外泌體含有多種生物活性物質(zhì),包括核酸(DNA、mRNA、microRNA、長鏈非編碼RNA)、蛋白質(zhì)、脂質(zhì)和代謝物。越來越多的證據(jù)表明,外泌體是局部和全身細胞間通訊的介質(zhì),它們可以將功能性貨物轉(zhuǎn)移到受體細胞或參與受體細胞中的膜受體介導(dǎo)的信號傳導(dǎo)。值得注意的是,外泌體在體液和循環(huán)中很容易獲得,因此可以用作非侵入性液體活檢,這可能有助于疾病識別和對治療反應(yīng)的評估。此外,由于它們在循環(huán)中的半衰期長且易于修飾,因此外泌體可用于治療目的。

 

   當(dāng)前常用的CD9、CD63和CD81是異質(zhì)性的,在不同細胞類型中沒有表現(xiàn)出普遍高豐度存在

 盡管外泌體具有重要的生物學(xué)和轉(zhuǎn)化意義,但仍然缺乏能夠識別這種 EV 亞型的真正通用的蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物。在從不同細胞來源分離的外泌體中發(fā)現(xiàn)豐富且無處不在的蛋白質(zhì)是該領(lǐng)域一個備受追捧的里程碑。外泌體大量表達的通用生物標(biāo)志物的鑒定具有直接和深遠的意義,使研究界能夠開發(fā)更有效和更具體的基于生化的技術(shù),用于外泌體的鑒定、表征和純化。此外,普遍存在的蛋白質(zhì)的功能研究可能會促進對控制外泌體生物學(xué)的基本機制的新見解,例如生物發(fā)生、循環(huán)中的生物利用度和細胞運輸。外泌體研究領(lǐng)域傳統(tǒng)上使用四跨膜蛋白 CD9、CD63 和 CD81 作為生物標(biāo)志物,并已使用這些蛋白質(zhì)進行免疫親和方法來純化和定義外泌體的分子畫像。該研究報告了外泌體中CD9、CD63和CD81的異質(zhì)性存在和豐度,表明這些四跨膜蛋白作為來自不同細胞類型的外泌體的生物標(biāo)志物的使用有限。

 

   為了以高分辨率和定量的方式無偏見地發(fā)現(xiàn)無處不在和豐富的外泌體生物標(biāo)志物,該研究使用了超SILAC與最先進的質(zhì)譜 (MS) 結(jié)合進行準確的蛋白質(zhì)定量。研究確定了22種蛋白質(zhì)的層次結(jié)構(gòu),這些蛋白質(zhì)始終富含于來自14種不同人類細胞系的外泌體。這種公正的工作流程還使研究人員能夠確定外泌體中的15種低豐度蛋白質(zhì),這些蛋白質(zhì)可用作潛在的排除生物標(biāo)志物。此外,研究結(jié)果使用不同的外泌體分離方法進行了驗證,即密度梯度(DG)、尺寸排阻色譜(SEC) 和超速離心(UC)。研究還發(fā)現(xiàn),在來自不同細胞系的外泌體的蛋白質(zhì)組中,syntenin-1 是始終豐度最高的蛋白質(zhì)。此外,還在從不同物種和生物體液中回收的外泌體中發(fā)現(xiàn)了 Syntenin-1。總之,該研究提供了一個無處不在的核心外泌體蛋白的定量圖譜,可以作為對外泌體基礎(chǔ)和轉(zhuǎn)化生物學(xué)研究感興趣的科學(xué)界的資源。

 

 

   基于Super-SiLAC的蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定外泌體的核心蛋白質(zhì)組

 

 

外泌體核心蛋白質(zhì)組的無偏定量分析確定了推定的生物標(biāo)志物和排除蛋白

 

   無論細胞來源或分離方法如何,總共有1,212種蛋白質(zhì)在外泌體的蛋白質(zhì)組中被量化。一組22種蛋白質(zhì)普遍在外泌體富集。與細胞相比,外泌體的蛋白質(zhì)組中缺乏15種蛋白質(zhì)。在富集的蛋白質(zhì)中,研究人員確定了與生物發(fā)生相關(guān)的蛋白質(zhì)(GTPases)和膜蛋白(如CD47和ITGB1)。外泌體中缺乏的蛋白質(zhì)群主要由核蛋白組成。

 

 

   外泌體中普遍富集的22種蛋白質(zhì)、缺乏的15種蛋白質(zhì)

 

 

   研究人員將Syntenin-1(SDCBP)鑒定為來自不同細胞的外泌體中都豐富的蛋白質(zhì)。Syntenin-1也存在于不同物種和生物流體的外泌體中,突出了其作為外泌體假定的通用生物標(biāo)志物的潛在用途。該研究提供了外泌體普遍存在的核心蛋白的全面定量圖譜,可作為科學(xué)界的資源。

 

 

   Syntenin-1是外泌體中含量最穩(wěn)定的蛋白質(zhì),在來自不同物種和生物流體的外泌體中得到鑒定

 

   參考文獻:

   KugeratskiFG, Hodge K, Lilla S, McAndrews KM, Zhou X, Hwang RF, Zanivan S, Kalluri R. Quantitative proteomics identifies the core proteome of exosomes with syntenin-1 as the highest abundant protein and a putative universal biomarker. NatCell Biol. 2021 Jun;23(6):631-641. doi: 10.1038/s41556-021-00693-y.Epub 2021 Jun 9. PMID: 34108659.

 

   RaghuKalluri教授發(fā)表的外泌體相關(guān)文章:

   Melo, S. A., et al. (2014)."Cancer Exosomes Perform Cell-Independent MicroRNA Biogenesis and PromoteTumorigenesis." Cancer Cell 26(5): 707-721.(https://www.exosomemed.com/395.html)Melo, S. A., et al. (2015)."Glypican-1 identifies cancer exosomes and detects early pancreaticcancer." Nature.Kalluri, R. (2016). "The biologyand function of exosomes in cancer." J Clin Invest 126(4):1208-1215.Kamerkar, S., et al. (2017)."Exosomes facilitate therapeutic targeting of oncogenic KRAS in pancreaticcancer." Nature.(https://www.exosomemed.com/3085.html)Kurywchak, P. and R. Kalluri (2017)."An evolving function of DNA-containing exosomes in chemotherapy-inducedimmune response." Cell Res 27(6): 722-723.Yang, S., et al. (2017)."Detection of Mutant KRAS and TP53 DNA in Circulating Exosomes fromHealthy Individuals and Patients with Pancreatic Cancer." CancerBiol Ther: 0.Kurywchak, P., et al. (2018). "Theemerging roles of exosomes in the modulation of immune responses incancer." Genome Med 10(1): 23.Mendt, M., et al. (2018)."Generation and testing of clinical-grade exosomes for pancreaticcancer." JCI Insight 3(8).LeBleu, V. S. and R. Kalluri (2019)."Exosomes Exercise Inhibition of Anti-Tumor Immunity duringChemotherapy." Immunity 50(3): 547-549.McAndrews, K. M. and R. Kalluri (2019)."Mechanisms associated with biogenesis of exosomes in cancer." MolCancer 18(1): 52.McAndrews, K. M. and R. Kalluri (2019)."Nischarin Regulates Secretion of Exosomes and Cancer Progression." CancerRes 79(9): 2099-2101.McAndrews, K. M., et al. (2019)."SIRT1 Regulates Lysosome Function and Exosome Secretion." DevCell 49(3): 302-303.Kalluri, R. and V. S. LeBleu (2020)."The biology, function, and biomedical applications of exosomes." Science367(6478).(https://www.exosomemed.com/6772.html)LeBleu, V. S. and R. Kalluri (2020)."Exosomes as a Multicomponent Biomarker Platform in Cancer." TrendsCancer.Xunian Z, Kalluri R. Biology andtherapeutic potential of mesenchymal stem cell-derived exosomes. CancerSci. 2020 Sep;111(9):3100-3110. Epub 2020 Jul 28. PMID: 32639675.LeBleu VS, Kalluri R. Exosomes as aMulticomponent Biomarker Platform in Cancer. Trends Cancer.2020 Sep;6(9):767-774. Epub 2020 Apr 16. PMID: 32307267.Chronopoulos A, Kalluri R. Emergingrole of bacterial extracellular vesicles in cancer. Oncogene.2020 Nov;39(46):6951-6960. Epub 2020 Oct 15. PMID: 33060855.Kugeratski FG, Kalluri R. Exosomes asmediators of immune regulation and immunotherapy in cancer. FEBS J.2021 Jan;288(1):10-35. PMID: 32910536.McAndrews KM, Dowlatshahi DP, Dai J,Becker LM, Hensel J, Snowden LM, Leveille JM, Brunner MR, Holden KW, HopkinsNS, Harris AM, Kumpati J, Whitt MA, Lee JJ, Ostrosky-Zeichner LL, Papanna R,LeBleu VS, Allison JP, Kalluri R. Heterogeneous antibodies against SARS-CoV-2spike receptor binding domain and nucleocapsid with implications for COVID-19immunity. JCI Insight. 2020 Sep 17;5(18):e142386. PMID:32796155Hensel J, McAndrews KM, McGrail DJ,Dowlatshahi DP, LeBleu VS, Kalluri R. Protection against SARS-CoV-2 by BCGvaccination is not supported by epidemiological analyses. Sci Rep.2020 Oct 27;10(1):18377. PMID: 33110184.  

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