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Industry Impact
Exosome Research Direction
We're facing the
challenges
of life head on.
NCB:Kalluri團隊利用定量蛋白質組學發(fā)現(xiàn)外泌體普遍富集和缺乏的蛋白質,其中Syntenin-1豐度最高可作為標志性蛋白

 

         我們經常使用的外泌體生物標志物(CD9、CD63和CD81)是異質性的,在不同細胞類型中沒有表現(xiàn)出普遍高豐度存在。為了發(fā)現(xiàn)外泌體中無處不在和豐富的蛋白質,外泌體領域大牛、MD安德森癌癥中心Raghu Kalluri教授研究團隊使用了一種基于超穩(wěn)定同位素標記細胞培養(yǎng)中的氨基酸(super-SILAC)的無偏和定量蛋白質組學方法,并結合了高分辨率質譜法,共定量了1212種蛋白質,其中外泌體中普遍富集22種蛋白質、缺乏15種蛋白質。并且發(fā)現(xiàn)Syntenin-1蛋白普遍存在于不同方法分離的不同細胞/不同物種和生物流體的外泌體中,可作為外泌體的通用生物標志物。(RaghuKalluri教授發(fā)表過多篇外泌體相關的CNS及子刊文章,文章列表見文末)

 

 

 

   外泌體是直徑從40 nm到160 nm的膜包裹的細胞外囊泡 (EV),源自內體區(qū)室,在文獻中也被稱為“小EV”。外泌體含有多種生物活性物質,包括核酸(DNA、mRNA、microRNA、長鏈非編碼RNA)、蛋白質、脂質和代謝物。越來越多的證據(jù)表明,外泌體是局部和全身細胞間通訊的介質,它們可以將功能性貨物轉移到受體細胞或參與受體細胞中的膜受體介導的信號傳導。值得注意的是,外泌體在體液和循環(huán)中很容易獲得,因此可以用作非侵入性液體活檢,這可能有助于疾病識別和對治療反應的評估。此外,由于它們在循環(huán)中的半衰期長且易于修飾,因此外泌體可用于治療目的。

 

   當前常用的CD9、CD63和CD81是異質性的,在不同細胞類型中沒有表現(xiàn)出普遍高豐度存在

 盡管外泌體具有重要的生物學和轉化意義,但仍然缺乏能夠識別這種 EV 亞型的真正通用的蛋白質生物標志物。在從不同細胞來源分離的外泌體中發(fā)現(xiàn)豐富且無處不在的蛋白質是該領域一個備受追捧的里程碑。外泌體大量表達的通用生物標志物的鑒定具有直接和深遠的意義,使研究界能夠開發(fā)更有效和更具體的基于生化的技術,用于外泌體的鑒定、表征和純化。此外,普遍存在的蛋白質的功能研究可能會促進對控制外泌體生物學的基本機制的新見解,例如生物發(fā)生、循環(huán)中的生物利用度和細胞運輸。外泌體研究領域傳統(tǒng)上使用四跨膜蛋白 CD9、CD63 和 CD81 作為生物標志物,并已使用這些蛋白質進行免疫親和方法來純化和定義外泌體的分子畫像。該研究報告了外泌體中CD9、CD63和CD81的異質性存在和豐度,表明這些四跨膜蛋白作為來自不同細胞類型的外泌體的生物標志物的使用有限。

 

   為了以高分辨率和定量的方式無偏見地發(fā)現(xiàn)無處不在和豐富的外泌體生物標志物,該研究使用了超SILAC與最先進的質譜 (MS) 結合進行準確的蛋白質定量。研究確定了22種蛋白質的層次結構,這些蛋白質始終富含于來自14種不同人類細胞系的外泌體。這種公正的工作流程還使研究人員能夠確定外泌體中的15種低豐度蛋白質,這些蛋白質可用作潛在的排除生物標志物。此外,研究結果使用不同的外泌體分離方法進行了驗證,即密度梯度(DG)、尺寸排阻色譜(SEC) 和超速離心(UC)。研究還發(fā)現(xiàn),在來自不同細胞系的外泌體的蛋白質組中,syntenin-1 是始終豐度最高的蛋白質。此外,還在從不同物種和生物體液中回收的外泌體中發(fā)現(xiàn)了 Syntenin-1??傊?,該研究提供了一個無處不在的核心外泌體蛋白的定量圖譜,可以作為對外泌體基礎和轉化生物學研究感興趣的科學界的資源。

 

 

   基于Super-SiLAC的蛋白質組學鑒定外泌體的核心蛋白質組

 

 

外泌體核心蛋白質組的無偏定量分析確定了推定的生物標志物和排除蛋白

 

   無論細胞來源或分離方法如何,總共有1,212種蛋白質在外泌體的蛋白質組中被量化。一組22種蛋白質普遍在外泌體富集。與細胞相比,外泌體的蛋白質組中缺乏15種蛋白質。在富集的蛋白質中,研究人員確定了與生物發(fā)生相關的蛋白質(GTPases)和膜蛋白(如CD47和ITGB1)。外泌體中缺乏的蛋白質群主要由核蛋白組成。

 

 

   外泌體中普遍富集的22種蛋白質、缺乏的15種蛋白質

 

 

   研究人員將Syntenin-1(SDCBP)鑒定為來自不同細胞的外泌體中都豐富的蛋白質。Syntenin-1也存在于不同物種和生物流體的外泌體中,突出了其作為外泌體假定的通用生物標志物的潛在用途。該研究提供了外泌體普遍存在的核心蛋白的全面定量圖譜,可作為科學界的資源。

 

 

   Syntenin-1是外泌體中含量最穩(wěn)定的蛋白質,在來自不同物種和生物流體的外泌體中得到鑒定

 

   參考文獻:

   KugeratskiFG, Hodge K, Lilla S, McAndrews KM, Zhou X, Hwang RF, Zanivan S, Kalluri R. Quantitative proteomics identifies the core proteome of exosomes with syntenin-1 as the highest abundant protein and a putative universal biomarker. NatCell Biol. 2021 Jun;23(6):631-641. doi: 10.1038/s41556-021-00693-y.Epub 2021 Jun 9. PMID: 34108659.

 

   RaghuKalluri教授發(fā)表的外泌體相關文章:

   Melo, S. A., et al. (2014)."Cancer Exosomes Perform Cell-Independent MicroRNA Biogenesis and PromoteTumorigenesis." Cancer Cell 26(5): 707-721.(https://www.exosomemed.com/395.html)Melo, S. A., et al. (2015)."Glypican-1 identifies cancer exosomes and detects early pancreaticcancer." Nature.Kalluri, R. (2016). "The biologyand function of exosomes in cancer." J Clin Invest 126(4):1208-1215.Kamerkar, S., et al. (2017)."Exosomes facilitate therapeutic targeting of oncogenic KRAS in pancreaticcancer." Nature.(https://www.exosomemed.com/3085.html)Kurywchak, P. and R. Kalluri (2017)."An evolving function of DNA-containing exosomes in chemotherapy-inducedimmune response." Cell Res 27(6): 722-723.Yang, S., et al. (2017)."Detection of Mutant KRAS and TP53 DNA in Circulating Exosomes fromHealthy Individuals and Patients with Pancreatic Cancer." CancerBiol Ther: 0.Kurywchak, P., et al. (2018). "Theemerging roles of exosomes in the modulation of immune responses incancer." Genome Med 10(1): 23.Mendt, M., et al. (2018)."Generation and testing of clinical-grade exosomes for pancreaticcancer." JCI Insight 3(8).LeBleu, V. S. and R. Kalluri (2019)."Exosomes Exercise Inhibition of Anti-Tumor Immunity duringChemotherapy." Immunity 50(3): 547-549.McAndrews, K. M. and R. Kalluri (2019)."Mechanisms associated with biogenesis of exosomes in cancer." MolCancer 18(1): 52.McAndrews, K. M. and R. Kalluri (2019)."Nischarin Regulates Secretion of Exosomes and Cancer Progression." CancerRes 79(9): 2099-2101.McAndrews, K. M., et al. (2019)."SIRT1 Regulates Lysosome Function and Exosome Secretion." DevCell 49(3): 302-303.Kalluri, R. and V. S. LeBleu (2020)."The biology, function, and biomedical applications of exosomes." Science367(6478).(https://www.exosomemed.com/6772.html)LeBleu, V. S. and R. Kalluri (2020)."Exosomes as a Multicomponent Biomarker Platform in Cancer." TrendsCancer.Xunian Z, Kalluri R. Biology andtherapeutic potential of mesenchymal stem cell-derived exosomes. CancerSci. 2020 Sep;111(9):3100-3110. Epub 2020 Jul 28. PMID: 32639675.LeBleu VS, Kalluri R. Exosomes as aMulticomponent Biomarker Platform in Cancer. Trends Cancer.2020 Sep;6(9):767-774. Epub 2020 Apr 16. PMID: 32307267.Chronopoulos A, Kalluri R. Emergingrole of bacterial extracellular vesicles in cancer. Oncogene.2020 Nov;39(46):6951-6960. Epub 2020 Oct 15. PMID: 33060855.Kugeratski FG, Kalluri R. Exosomes asmediators of immune regulation and immunotherapy in cancer. FEBS J.2021 Jan;288(1):10-35. PMID: 32910536.McAndrews KM, Dowlatshahi DP, Dai J,Becker LM, Hensel J, Snowden LM, Leveille JM, Brunner MR, Holden KW, HopkinsNS, Harris AM, Kumpati J, Whitt MA, Lee JJ, Ostrosky-Zeichner LL, Papanna R,LeBleu VS, Allison JP, Kalluri R. Heterogeneous antibodies against SARS-CoV-2spike receptor binding domain and nucleocapsid with implications for COVID-19immunity. JCI Insight. 2020 Sep 17;5(18):e142386. PMID:32796155Hensel J, McAndrews KM, McGrail DJ,Dowlatshahi DP, LeBleu VS, Kalluri R. Protection against SARS-CoV-2 by BCGvaccination is not supported by epidemiological analyses. Sci Rep.2020 Oct 27;10(1):18377. PMID: 33110184.  

文章來源于外泌體之家https://www.exosomemed.com/8786.html